亚历山大六世推行的极端任人唯亲的政策，构成意大利形势中的一个不安定因素。卢多维科和国王斐迪南间的关系日趋紧张。

年8月底，査理八世轻而易举地进入皮埃蒙特，一直推进到阿斯蒂。在帕维亚，他作为朋友受到卢多维科的欢迎，并且拜访了年轻的公爵。不久公爵与世长辞，他的死也许是卢多维科一手策划的。卢多维科全然不顾已故公爵的儿子，立刻宣布自任米兰公爵，并得到皇帝马克西米利安的赐封。期间，法国军队节节胜利，经过利古里亚海岸和罗马涅，进入托斯卡纳。法国人夺取菲维扎诺后，皮耶罗德美第奇旋即前往会见査理，同意把边界要塞、比萨和里窝那交给法国，同时支付二十万弗罗林。这一丧权辱国的和约一经宣布，佛罗伦萨全城哗然，怒逐美第奇家族出城，成立临时政府。査理闻讯赶到佛罗伦萨，市民拒不接受他提出的条约。皮耶尔卡波尼作为谈判代表之一，当场把协议撕个粉碎，并向査理提出挑战：“我们将敲响我们的警钟。”这句话成为千古名言。于是，法王减少索款，答应归还要塞。査理从佛罗伦萨转道锡耶纳，进入教皇国。亚历山大六世屈服。同意查理开进罗马年除夕之夜查理八世进入罗马，教皇退居梵蒂冈，后退避圣安杰洛古堡。以朱利亚诺德拉罗韦雷为首的一批红衣主教要求法王召开大公会议，以买卖圣职罪废除教皇。但是，查理八世宁愿和教皇谈判，因为教皇已同意法王在教皇国里可以自由通行，且保证其安全，还以人质相抵。这时，阿方索二世已察觉到自己已招致臣民憎恨，只好逊位于儿子斐迪南二世，人称费兰迪诺。法国军事以咄咄逼人之势，加之那不勒斯王国内部反叛不止，军队时常哗变，斐迪南二世无法阻止法国的入侵。他只好携带家眷狼狈逃到伊斯基亚，躲进墨西拿。

年2月22日，査理八世隆重开进那不勒斯，却没有从亚历山大六世那里获封王位。为对抗査理，卢多维科、威尼斯、教皇、西班牙的斐迪南和伊萨贝拉以及皇帝在威尼斯共同缔结“神圣同盟”。这样，意大利的命运开始受非意大利大国政策的左右。査理八世害怕被切断后路，急忙后撤。曼图瓦侯爵弗朗切斯科贡扎加二世所指挥的同盟军队企图封锁查理的退路。年7月6日在福尔诺沃附近的塔罗山谷两军交火：战斗延而不决。最后，法军摆脱敌军，继续后撤，经过皮亚琴察和托尔托纳安抵阿斯蒂。联军没有追击，只是包围了奥尔良公爵占领的诺瓦拉城。卢多维科为重获该城，退出同盟，单方面与査理八世缔结协定。几天后，査理八世越过阿尔卑斯山回国。在此期间，斐迪南二世得到著名统帅冈萨洛德科尔多瓦指挥的西班牙军队的援助，击败法国军队，回到那不勒斯，威尼斯人同时占领王国在亚得里亚海的港口。阿拉贡人轻易地收复了曾轻易丧失的王国。年10月费迪南二世薨，无合法继承人，由其叔父腓特烈继承王位。

意大利强国之一的佛罗伦萨没有参加神圣同盟，仍忠于与法国的联盟。共和国最关心的事莫过于收复比萨，法国占领后，比萨挣脱佛罗伦萨，并得到威尼斯人的支持。在比萨事件中，査理八世态度暧昧，他之所以能得到佛罗伦萨长期的友谊，除佛罗伦萨的亲法传统外，还应归功于这样一种说法：他是上帝的工具，是用来惩罚教会和改革教会的。这种说法经由多明我会修士杰罗拉莫萨沃纳罗拉传播开。他在讲道中激烈抨击当时的腐败现象，主张必须革新基督教会。萨沃纳罗拉于年生于费拉拉。多年主持佛罗伦萨的圣马可修道院，使这里成为托斯卡纳的修会改革中心。他曾预言，査理八世越过阿尔卑斯山进入意大利，肯定无疑，但何时南下，尚难断定，预言査理必胜，美第奇必垮。正是这些预言，以及他严肃的生活、有力的布道，使他成了上帝的预言者，在民众中享有崇高的威信，被要求来领导全城的政治生活。

赶走美第奇后，佛罗伦萨在国家重整问题上出现了两种倾向：寡头政治倾向和民主倾向。萨沃纳罗拉断然支持民众主权的原则，但实际上执行不力。当时成立了一个由二十九岁以上的公民组成的大议会，其入选条件是，其祖先曾任过共和国三大职务之一。大议会又选举八十名四十岁以上的公民，组成类似威尼斯元老院那样的议会。萨沃纳罗拉还建议征收百分之十的土地税，以此解决财政问题；以开设当铺，来与高利贷作斗争。杰罗拉莫修士利用这些首脑机构实现其宗教思想和道德思想，使宗教和纯洁的风尚深入到公共生活和私人生活中，为此采用严格的纪律，甚至使用暴力和密探监视公民。这个神权政府最典型的表现是：杰罗拉莫修士在民众热情的欢呼声中宣布耶稣基督为佛罗伦萨王；狂欢节游行队伍在西尼奥里阿广场焚烧“无用之物”。

萨沃纳罗拉在布道中以放肆的语言抨击罗马教廷和亚历山大六世的举止行为。教皇吁请萨沃纳罗拉务必克制言辞，邀请他前来罗马以自辩，禁止他布道。萨沃纳罗拉对教皇的邀请不予理睬，也不服从其禁令。然而，他在佛罗伦萨的名望并非没有遇到挑战，除了忠于他的皮亚尼奥尼派外，又出现了主张寡头政治、反对美第奇的阿拉比阿蒂派、爱好享乐生活的坎帕尼亚奇派，以及当时还势单力薄的支持美第奇的比吉派或称帕莱斯基派。教皇突至的绝罚令大长敌人的锐气。但他全然不顾绝罚，宣布其无效。于是，罗马以褫夺圣职相威胁；在佛罗伦萨，阿拉比阿蒂派上台，组成执政团政府，禁止萨沃纳罗拉布道；而萨沃纳罗拉一直在期待着召开一次大公会议，以“买卖圣职、异教徒、对宗教不虔诚”等罪名废黜教皇。一位圣方济各会修士向他提出火烙考验的挑战，因为他曾断言不怕火烙，他一口拒绝；其追随者多梅尼科布翁维奇尼修士自告奋勇替他应战。挑战者于是也委派另一名圣方济各会修士。执政团批准了这场挑战，着手大规模的准备工作。后因种种原因，火烙考验未付诸实行。萨沃纳罗拉的失败大长敌人威风，执政团迫他外出流放。好像他不愿服从，对手进攻圣马可修道院；经短暂抵抗，他被捕，同时落网的还有多梅尼科布翁维奇尼修士、西尔韦斯特罗马鲁菲修士。由两个教廷特派员主持的最后审判，动用酷刑，并伪造供词，证明萨沃纳罗拉供认自己为骗子。三位修士被判处死刑，年5月23日绞死于西尼奥里阿广场的十字架上，然后焚尸。

査理八世以二十八岁之英年早逝，后继无人，由堂兄瓦卢瓦奥尔良路易继承，称路易十二。路易十二刚一上台，其野心立刻暴露。他自任两西西里王，又以瓦伦蒂纳维斯孔蒂后裔之名自封米兰公爵，觊觎整个米兰地区。他和西班牙、威尼斯、教皇达成协议，全面拆散神圣同盟。切萨雷博尔吉亚在他兄弟甘迪阿公爵被暗杀后离开教皇国家接受法王赐予的瓦伦扎公国，并与纳瓦拉王的妹妹爱洛特德阿尔布雷喜结良缘，许诺法国征服米兰后协助立国。既然与威尼斯结盟，路易只好把克雷莫纳和阿达河左岸让给威尼斯：为了扩大一小块领土，威尼斯执政团准许一支强大的外国军队驻扎在意大利，而且是驻扎在它本国的边境上。卢多维科孤军作战，他唯一的朋友那不勒斯的腓特烈也爱莫能助。于是，他鼓动土耳其人反对威尼斯——这些年来，那不勒斯的阿拉贡人也反复利用土耳其为其效劳。年秋，土耳其人又一次侵入弗留利。8月初，集结在阿斯蒂的法国人，在米兰流亡者吉安贾科莫特里武尔齐奥指挥下，轻而易举地夺取了亚历山德里亚和帕维亚，与此同时，威尼斯人也节节胜利，直达洛迪。公爵亡命德国，米兰城投降；威尼斯人占领克雷莫纳。年10月6日，路易十二隆重进驻米兰，任命特里武尔齐奥为米兰地方长官，之后返回法国。同时，热那亚也重归法国统治。新地方长官的派性、政府的苛捐杂税、法国士兵的骄横，引起了米兰城的普遍不满，这使卢多维科重新鼓起勇气，雇佣瑞士军队，于年1月5日返回米兰，并把法国人赶过提契诺河，夺回诺瓦拉。但是法王立即派兵增援，如法炮制，也雇佣一批瑞士人，利用这些瑞士人策反，鼓动那些为卢多维科效劳的同胞反戈一击。法国人重新占领公国，卢多维科被俘，押送法国，于年卒于异国。不过，路易十二不得不把贝林佐纳这块伯爵领地割让给瑞士各州。

关于那不勒斯王国的归属问题，路易十二同另一个觊觎者天主教徒斐迪南进行谈判。根据《格拉纳塔协定》，对那不勒斯王国做如下划分：路易十二将占据那不勒斯和阿布鲁佐；斐迪南分到普利亚和卡拉布里亚。有关这一瓜分，与教皇也签订了协议。年春，法国人进攻那不勒斯王国的疆土。对协定一无所知的腓特烈王亲自替西班牙人打开卡拉布里亚要塞的大门，请求援助。后来，得知亲戚早已叛变，立即退居伊斯基亚，把王国让与路易十二，以此换得昂儒公国和终身年金。

这时，瓦伦蒂诺公爵在法国人的援助下开始了计划中的罗马涅之举。教皇借口罗马涅和马尔凯的执政官没有向教会缴纳贡税，宣布剥夺他们的封地。其子奉命征讨，年12月占领由杰罗拉莫里亚里奥的遗孀卡泰里娜斯福尔扎英勇保卫的伊莫拉和福尔利两地。瓦伦蒂诺被封为教会最高行政长官后他用教皇给他弄到的钱收买了十二个红衣主教雇佣一批新的士兵，开始新的战役。首先占领佩扎罗和里米尼，然后征服由十六岁的少年阿斯托雷曼弗雷德死守的法恩扎城，因签订体面条约，阿斯托雷曼弗雷德才开城投降，不久后，被监禁于圣安杰罗古堡，终遭杀害。征服罗马涅后，他受封为该城公爵。切萨雷安排在罗马涅的行政长官以极残酷的手段镇压贵族老爷，强行恢复公共秩序。当切萨雷认为可以就此罢休，并企图将由此而引起的憎恨完全转移到这位行政长官大人的身上时，即治他以死罪。这时，切萨雷博尔吉亚又考虑向托斯卡纳扩张，首先是锡耶纳一一属潘多尔福佩特鲁奇执政团管辖和皮翁比诺公国，对佛罗伦萨亦取敌视态度。但后来与佛罗伦萨人达成协议：佛罗伦萨同意不再庇护亚皮亚诺。于是包括埃尔巴在内的整个公国被公爵的军队占领。佛罗伦萨为了自身安全，防范瓦伦蒂诺，与法王缔约。在此以前，博尔吉亚家族与费拉拉的埃尔科莱公爵联姻。卢克雷齐娅与斯福尔扎的婚姻已解除；第二次与那不勒斯的阿方索二世的私生子阿方索迪比谢列结婚，结果在切萨雷博尔吉亚的策划下，她居然弑夫。现在卢克雷齐娅又嫁给埃尔科莱公爵之子阿方索德斯特。

年夏，切萨雷博尔吉亚背叛乌尔比诺公爵朱多巴尔多迪蒙泰费尔特罗，轻易剥夺他的公爵爵位，占领隶属朱利奥切萨雷瓦拉诺的卡梅里诺，绞死他和两个儿子，派其雇佣兵队长维泰洛佐维泰利夺取佛罗伦萨人的阿雷佐、科尔托纳和圣塞波尔克罗。由于法王的干预，瓦伦蒂诺不得不把这些土地还给佛罗伦萨。后来，瓦伦蒂诺去米兰面晤法王，续订和加强了同他的协定，这样他可以放开手脚，攻击一度受法国保护的波洛尼亚执政官本蒂沃利奥家族。瓦伦蒂诺公爵手下的雇佣兵队长大部分是意大利中部的小执政官,他们从这件事中悟出，帮助公爵等于为自己准备坟墓；于是他们在佩鲁贾附近的马焦内集会，决定暗中支持本蒂沃利奥家族、彼得鲁齐家族和朱多巴尔多公爵。一时，暴动的烽火燃遍乌尔比诺公国和卡梅里诺；结果博尔吉亚的军队被击败，乌尔比诺和卡梅里诺物归原主，似乎博尔吉亚已在劫难逃。但他退居伊莫拉后，争得路易十二军队的援助，并与佛罗伦萨谈判，与本蒂沃利奥及雇佣兵众队长达成协议，收复了失地。接着，他与雇佣兵众队长维泰洛佐维泰利、奥利韦罗蒂达费尔莫、保罗奥尔西尼和弗朗切斯科奥尔西尼约会于西尼加利亚，众队长落入圈套，统统被他处死。这一惨案一经传开，意大利中部的其他小君主纷纷出逃；卡斯泰洛城和佩鲁贾顺利被占。在罗马，亚历山大六世获悉西尼加利亚事件顺利结束后，即逮捕老红衣主教奥尔西尼，几天后，奥尔西尼猝死，可能是被毒死的。死里逃生的奥尔西尼家族其他成员与萨米利家族结盟，加固帕特里莫尼奥古堡。公爵的军队在拉齐奥所向无敌，暴行累累。奥尔西尼家族被迫签订停战条约。于是，切萨雷打算自领托斯卡纳执政官；为筹集活动经费，他投毒杀死巨富米基耶尔红衣主教，并以交付巨款为条件任命了一批红衣主教。

这时，法国和西班牙为那不勒斯王国瓜分后的边界问题开战。孔萨尔沃被迫退入巴列塔，那里又遭内莫尔公爵阿曼涅克路易围困。许多意大利武士云集于普罗斯佩罗科隆纳和法布里齐奥科隆纳麾下，支持西班牙人。一部分被俘的法国人轻侮意大利人的勇武，为了决一雌雄，两国各出十三名斗士决斗。年2月13日，决斗在两军阵前进行，结果意大利人大胜，全部俘获法国人。这一被称为“巴列塔挑战”的著名事件使法国人闻风丧胆。这时，法国的一支部队在塞米纳拉被西班牙的一支援军击败,孔萨尔沃随即从巴列塔出击，在切里尼奥拉大胜法国人,内莫尔公爵被杀死。5月14日西班牙人进入那不勒斯。

现在，亚历山大六世和切萨雷开始疏远法国。然而教皇病重，于年8月18日速逝，不像被毒致死的，很有可能死于疟疾。儿子切萨雷也病倒，已无力处事。秘密会议选举年迈多病的皮科洛米尼为教皇，称庇护三世。意大利中部的执政官乘机收复自己的领地；唯有罗马涅当时没有动作。二十七天后，庇护三世老死，红衣主教朱利亚诺德拉罗韦雷应召前来继承，取号尤利乌斯二世。为了当选教皇，他向瓦伦蒂诺许下一大堆诺言，事成后却无一践诺。瓦伦蒂诺在罗马涅的地产均被新教皇据为己有。

这时，一支法国援军向加里利亚诺河挺进。法国人和西班牙人几个月来屯兵两岸，互相窥测动静，直到年12月29日孔萨尔沃才断然渡河进攻，击溃法国人。溃逃中，跟随法国军队的皮耶罗德美第奇淹死在加里利亚诺河中。年1月1日法军最后一个据点加埃塔被拔，残余法军全部撤离那不勒斯王国。年1月法、西停火，年10月签订协议。根据协议，鳏居的天主教徒斐迪南与法王侄女热尔梅娜迪富瓦结婚，热尔梅娜把过去协议规定属于法国的那部分那不勒斯王国土地作为嫁妆送给斐迪南。孔萨尔沃致力于整顿那不勒斯王国，它没有并入西西里，而是与西西里一样作为总督辖区独立存在。前来那不勒斯的孔萨尔沃废除瓦伦蒂诺公爵的爵位，把他押送西班牙。他越狱逃到纳瓦拉王处避难。年，在一次替纳瓦拉王攻击一反叛者的战斗中战死。

结尾：对任何一个国家来说，本国的军事力量都是一个国家的基础。只有在军事方面强大起来了，才能保证自己不被其他国家侵略，而且，它一旦强大，国家的外交，科技地理等一些不是军事方面的因素也跟着一起发展起来了。